События Red Faction: Armageddon происходят спустя полстолетия после восстания и освобождения Марса от Сил Земной Защиты. Однако мир на красной планете продержался недолго, и теперь новая смертельная угроза нависла над жителями Марса. Все начинается с того, что массивный Терраформер, который поддерживал на планете атмосферу, похожую на Земную, был уничтожен. Жить на поверхности теперь стало нереально из-за постоянных торнадо, штормов и других погодных катаклизмов. Чтобы выжить, колонисты отступили в подземные шахты и построили там сеть из обитаемых пещер.

Нюкем жил. Нюкем жив. Нюкем будет жить! Приготовьтесь перевоплотиться в самого крутого, безбашенного и отчаянного героя в истории компьютерных и видеоигр. С момента его последнего приключения прошло уже почти десять лет, но игроки всего мира ни на минуту не теряли надежды на новую встречу с ним. И вот их мечты стали реальностью — мир наводнили орды инопланетных захватчиков, а значит — Дюк Нюкем возвращается! Ни подлые копы, ни злобные космические пришельцы, ни гигантские монстры — никто и ничто не собьет отважного мускулистого блондина с пути и не отвлечет от любимого занятия — невозмутимо спасать мир и защищать красоток!